Helmer erlernte zunächst das Maurerhandwerk und besuchte anschließend die Baugewerkschule in Nienburg/Weser. Nach einem Studium an der Königlichen Akademie der bildenden Künste in München trat er in das Atelier von Ferdinand Fellner d. Ä. in Wien ein.
1873 bildete er mit dessen Sohn Ferdinand Fellner d. J. eine Architektengemeinschaft, das Büro Fellner & Helmer, das zum bedeutendsten Erbauer von Theatern in der österreichisch-ungarischen Doppelmonarchie wurde. Obwohl die Werke immer unter "Fellner & Helmer" firmierten, wurde die Planung eines Bauwerks immer von einem der beiden Architekten geleitet. Im Unterschied zu Fellner bevorzugte Helmer klassizistische Formen. Auf ihn gehen Theaterbauten in Wiesbaden, Fürth, Darmstadt, Klagenfurt und Zürich zurück.
Helmer war auch Obmann des ständigen Ausschusses für Wettbewerbsangelegenheiten und Mitglied im Ausschuss für die bauliche Entwicklung Wiens. Er gehörte zu den Begründern der Zentralvereinigung der Architekten und setzte sich im Ersten Weltkrieg für die Ausschreibung von Wettbewerben ein, um den Architekten in dieser Zeit finanziell zu helfen.
Er ruht in einem Ehrengrab auf dem Wiener Zentralfriedhof (Gruppe 32 A, Nummer 40).
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